أنشأت وكالة الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي في عام 1428هـ، لتعمل على تحقيق رؤية الجامعة في الريادة والتميز في مجال التعليم والتعلم والبحث العلمي للتنمية المجتمعية بمعايير عالمية، وتجسيد رسالة الجامعة في إعداد كوادر علمية وبحثية متميزة والمساهمة في تنمية مجتمع المعرفة. كما وتعمل الوكالة بشكل أساسي في صياغة صناعة المعرفة من خلال عقد الاتفاقيات العلمية واتفاقيات التبادل مع العديد من الجامعات والمؤسسات العلمية المحلية والإقليمية والعالمية لتنشيط البحث العلمي، وذلك بهدف تأهيل الكوادر العلمية الوطنية والتركيز على تفعيل برامج الدراسات العليا لجميع التخصصات العلمية والتطبيقية والانسانية. وتسعى وكالة الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي على دعم البحث العلمي في الجامعة وتحرص باستمرار على مواكبة تقدمه وعلى التجاوب الفعال مع معطيات العصر الراهن الذي يُمثل فيه البحث العلمي الركيزة الأساسية لنمو ورقي المجتمعات للوصول بجامعة الحدود الشمالية إلى التنافسية العالية على كافة الأصعدة محلياً وإقليمياً وعالمياً.